Здравствуйте, Наталья!
Имеются ли в клетке домик или другие приспособления, с которыми крыса контактирует? Возможно, она могла окраситься об них.
По вашему описанию не понятно, попробуйте приложить фотографию в комментарии к своему вопросу. Опишите подробнее условия содержания, кормление, поведение крысы, нет ли на коже ранок, расчесов и т.д.
Как вставить фотографию (изображение) в сообщение - http://www.zooserver.ru/how_add_img/