Здравствуйте!
Вы не указали где именно гладите, есть места где морские свинки не любят что бы их трогали. Некоторым не нравится когда гладят голову, в области сальной железы, ближе к животику.
Появившаяся агрессия может указывать на какие-либо проблемы - осмотрите животное, может его что-то беспокоит.