продолжайте байтрил. курс данного антибиотика для грызуна должен составлять не менее 14 дней, а желательно 3-4 недели.
не знаю, что имеется в виду под аналогом. в  ситуациис заболеванием органов дыхания у крысы -  Байтрил - основной препарат, который стоит применять.
для подтверждения диагноза и отслеживания динамики стоит сделать рентгеновский снимок (обзорный, в 2 проекциях).