Здравствуйте, Карина!
Что делать? Вначале нужно ознакомиться с информацией по содержанию и разведению животных.
Хомяки являются территориальными и асоциальными животными, вне зависимости от ситуации должны содержаться только по отдельности - вывод: рассадите животных по разным клеткам.
Если самка какое-то время находилась с самцом, то вероятно она беременна. Беременная и кормящая самка нуждается в специальном рационе, богатом белковой пищей. К тому же, находящиеся в одной клетке два хомячка могут успешно поесть потомство. Например, из родившихся 7 малышей остаться может 2-3 хомячка.
Беременность и роды у хомяков, что сделать, чтобы самка не поела потомство; рацион беременной и кормящей самки; уход и содержание беременной самки; ответы на другие вопросы см. по ссылке - http://msvinka.ru/hom2.html