Кастрация может повлиять на поведение самцов в положительную сторону. Но совершенно не гарантирует 100%, что после ее проведения самцы будут уживаться, т.к. на поведение влияют не только половые гормоны, но и работа нервной системы.

Кастрация никак не влияет на поведение морских свинок.

У вас два двухмесячных самца устраивают сильные драки? Размер клетки подходит для содержания двух морских свинок? Какой размер клетки? 

Если размер клетки подходит для содержания двух свинок, но драки продолжаются, то решение только одно - рассадить по разным клеткам.