Амикацин не лучший выбор, тем более что антибиотики даются дозированно исходя из веса, а не "сколько выпьет". Можно попробовать давать сумамед из расчета 10мг\кг 2 раза в сутки. Курс антибиотика у крыс не менее 14 дней.
Белковая пища и заболевание никак не связаны, можно давать обезжиренный творог или другую белковую пищу не чаще 2-3 раз в неделю.