Все зависит от цели исследований:
если проводят исследования на вирусные инфекции - антибиотикотерапия не помешает; если после пролеченного конъюнктивита необходимо определить, какая микрофлора осталась в конъюнктивальном мешке (оценка эффективности лечения) - это также имеет смысл.
Если же необходимо определить первичного бактериального возбудителя инфекционного процесса - то после курса антибиотиков это уже не имеет смысла.