У котят либо генетическая патология, что наиболее вероятно. Либо Ваша кошка инфицирована хламидиозом, микоплазмозом, токсоплазмозом или какой-либо другой инфекцией вызывающей тератогенность плодов.
Вам нужно обратиться с ней в клинику, чтобы назначили необходимые исследования.