Елена, добрый день!

Ну вообще, сложновато. Как сказала Ольга, инстинкт сильный. 

Правда, у вас котенок, т.е. шанс есть. Пробуйте на руках подносить к котенку, дате обнюзать. Если котенок лапкой бьет, котенка убирайте (а не руку с хомяком). Только при этом нормально уверенно берите и в сторону, а не ругайте, бейте... ввы не должны наказывать котенка - это верно.  Обтирать котенка, а потом хомяка (тряпочкой). 

Когда котенок сидит рядом и котенка не трогает, похвалите его, погладьте, дайте лакомство.

Вообще, все процедуры проводите после кормежки и после игр. С котенком вам придется очень много играть, и особенно с удочкой, когда добыча убегает от котенка. Это несколько раз в день по 10-15 мин, и интенсивно. Снабдите котенка кучей игрушек для самостоятельной игры. Используйте их тоже, кидая в сторону мышку. Так котенок начнет понимать, то за удочкой и искусственной мышкой ему можно бегать, т.к. вы сами игру поощряете, а за хомяком - нет, т.к. вы его отстраняете. 

В целом, процесс сложный. Не факт, что получится. 

Поэтому в любом случае позаботьтесь о хорошей клетке в мелкую сеточку, чтобы лапа зацепить хомяка не смогла. Я бы вообще подумала о том, чтобы клетку в клетку поставить.