Сергей, вероятно, у них был конфликт, когда вас не было.

Согласна с Иваном, что Feliway может помочь, но он долго помогает. Берите и спрей, и диффузор. Спреем все на уровне мордочки брызгайте, диффузор в комнату, где чаще находятся. 1 диффузор - 1 мес в одной комнате. 

Есть еще капли Баха - надо заказывать в инете или через заводчиков, кто занимается. Можно Фоспасим - он не накопительный, как Кот Баюн иди Фитекс - эти долго будут эффект показывать.

Общение кота и кошки прекратить на время - на неделю минимум. В разные комнаты.

Потом сводить за едой, лучше за чем-то особенно вкусным для них. Сатвить миски подальше, потом опять разводить в рзные комнаты. Через некоторое время начинать оставлять на одной территории после кормежки и наблюдать. 

Играть с двумя одновременно - попросите кого-нибудь вам помочь, вы с котом, кто-то с кошкой, и наоборот. С удочкой. Это вырабатывает положительные ассоциации от нахождения рядом.

До фактической драки ничего не делать. Если драка, то не веником и криками, а громким звуком. Идеально - консервная банка о пол. Если она еще с монетами, все уже на шкафу будут-) У меня помогает даже неожиданный хлопок в ладоши или удар по столу.

создавайте кошкам укрытия - домики, коробки, тоннели, доступ на шкаы и подоконики, холодильники - приучите кошек туда прыгать, если они хоятт скрыться. Когда кошка наверху, все, что внизу, ей кажется менее опасным, и места для агрессии защитной находится меньше.

Наверх можно завлечь, кинув игрушку или посветив указкой. Можно сыр закинуть, кусок мяса..

И если она не агрессивна к вам и кошке, то это не болезнь. Разве что связана с половой функцией.

ЗАто может быть связана с гормонами.