Пересдайте анализ в другой лаборатории, возможно плохо искали или ничего не нашли в данной порции кала (для анализа надо сдавать цекотрофы - мягкий кал). Или проведите пробное лечение кокцидиостатиком.
Болячки на лапах - вероятно пододерматит, лечится длительно повязками с антибиотиком в виде мази. Вообще в Москве достаточно клиник, где занимаются кроликами, и как минимум попытаются поставить диагноз, а не отправят со словами "все само пройдет".