При установлении миксоматоза на хозяйство (ферму), населенный пункт накладывают карантин, всех кроликов определяют на мясо, проваривают в порядке, указанном в действующих «Правилах ветеринарного осмотра убойных животных и ветеринарно-санитарной экспертизы мяса и мясных продуктов».
Все поголовье кроликов в угрожаемой зоне прививают против миксоматоза сухой живой культуральной вакциной из штамма «В - 82» или ассоциированной лиофилизированной вакциной против миксоматоза и ВГБК в соотетствии с наставлениями по их применению.
Проводят тщательную механическую очистку и дезинфекцию кролиководческих ферм, выгульных дворов, оборудования, убойных пунктов, а также помещений, где содержались животные у владельцев кроликов.
Проводят мероприятия по уничтожению грызунов и эктопаразитов, выявляют места выплода насекомых и осуществляют соответствующие мероприятия по их ликвидации; предупреждают владельцев животных о запрещении ввоза и вывоза кроликов, перемещения их внутри хозяйств, торговли на рынках кроликами, кроличьим мясом и другими продуктами кролиководства.
Карантин с неблагополучного по миксоматозу пункта снимают через 15 дней после последнего случая заболевания и уничтожения (убоя) в нем больных кроликов, проведения вакцинации и заключительных ветеринарно-санитарных мероприятий


Таким образом, в Вашем случае рекомендуется уничтожить всех кроликов с клиническим признаками миксоматоза, остальных привить и наблюдать. В случае проявления клинических признаков у вакцинированных животных - проводить их убой.
Кроме того, необходимо провести дезинфекцию помещений и клеток, в которых жили зараженные кролики.
Что касается вакцин - используйте любую, доступную в вашем регионе, предпочтительнее использовать комплексную вакцину против ВГБК и миксоматоза (если ваши кролики не были привиты против ВГБК).
В случае, если поголовье кроликов у вас небольшое - возможен вариант с полной заменой поголовья (убой всех животных).
В дальнейшем необходимо проводить плановую вакцинацию комплексной или моновакцинами от ВГБК и миксоматоза.



http://www.myfam.ru/article/kakrol/nactavlenie_po_primeneniu_vakciny_ot_vgbk_i_m.htm