У морской свинки врачи обнаружили лишай

Вакдерм
Состав и форма выпуска. Ассоциированная вакцина представляет собой инактивированные споры дерматофитов (Microsporum canis, Microsporum gypseum и Trichophyton mentagrophytes).
Противопоказания. Не разрешается прививать животных с повышенной температурой тела, во второй половине беременности, а также больных инфекционными и незаразными болезнями.

В принципе, согласно инструкции, применять препарат не желательно.
Однако, он разработан и апробирован для собак и кошек.
Думаю, что осложнений быть не должно.
Если оставить проблему без решения, после родов Вам придется лечить лишай сразу у нескольких свинок (матери и потомства). Тем более, что иные способы лечения (применение противогрибковых антибиотиков внутрь) -так же может оказать негативное воздействие на беременность.
Есть еще вариант купать свинку в противогрибковом шампуне (Низарал), однако, здесь яничего сказать не могу, применять данное средство на грызунах не приходилось.