Все делаете правильно: посадили в лоток, сделал "дела", похвалили. Щенок, судя по Вашему описанию, сообразительный, он уже понял, где надо справлять нужду, но не всегда, видимо, успевает добежать до этого места. Продолжайте обучение и все нормализуется.
Рекомендую дополнительно ознакомиться со статьями
на моем сайте: "Воспитание щенка" и "Все о дрессировке".