Все делаете правильно: посадили в лоток, сделал "дела", похвалили. Щенок, судя по Вашему описанию, сообразительный, он уже понял, где надо справлять нужду, но не всегда, видимо, успевает добежать до этого места. Продолжайте обучение и все нормализуется. 
Рекомендую дополнительно ознакомиться со статьями 
на моем сайте: "Воспитание щенка" и "Все о дрессировке".