К сожалению, пока хомячата, такие маленькие, мыть клетку действительно небезопасно. Уборка - это сильный стресс для матери, у неё может пропасть молоко, она может отказаться от малышей (особенно если запах детей изменится - например, Вы их потрогаете или даже они просто полежат в чистом наполнителе и начнут им пахнут) или даже убить их.
Как правило, хомячки выбирают один конкретный туалетный угол. Есть только один безопасный способ уменьшить запах от клетки - аккуратно менять наполнитель только в туалетном углу (или в туалетных углах - обычно, когда первый начинает слишком сильно неприятно пахнуть, хомячок начинает ходить в другой, новый), стараясь при этом не тревожить самку с детёнышами.